Instalando BLAST en Apache 2.0 y Ubuntu 8.04 Hardy Heron

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un algoritmo de bioinformática para comparar información de secuencias biológicas primarias, como secuencias de aminoácidos de diferentes proteínas o los nucleótidos de secuencias de ADN.

Este algoritmo tiene una implementación creada por la NCBI con licencia de dominio público, para que cada cual se lo pueda instalar y utilizar el algoritmo con sus propias bases de datos.

Hemos tenido la oportunidad de probarlo para un proyecto que estamos llevando entre manos, no sin algunos problemas de instalación. Por eso este artículo recogerá el proceso de instalación a seguir.

Desplegando una aplicación web TurboGears sobre Apache en Debian Etch

De las distintas opciones que hay disponibles para poner una aplicación TurboGears en un entorno de producción, la que más me gusta es la de utilizar Apache como un proxy inverso. La configuración no es muy difícil, però tiene sus pequeños problemas.

Configurar un nuevo VirtualHost de Apache
Crear el fichero /etc/apache2/sites-avaible/appweb
Agregar el siguiente código:

<VirtualHost *>
ServerName localhost
ServerAdmin admin@domain.net
Errorlog /var/log/apache2/appweb-error_log
Customlog /var/log/apache2/appweb-access_log common
UseCanonicalName Off
ServerSignature Off
AddDefaultCharset utf-8
ProxyPreserveHost On
ProxyRequests Off
ProxyPass /error/ !
ProxyPass /icons/ !
ProxyPass /favicon.ico !
ProxyPass /appweb/ http://127.0.0.1:20000/
ProxyPassReverse /appweb/ http://127.0.0.1:20000/
</VirtualHost>

Esta configuración hará que la aplicación esté disponible en la dirección http://localhost/appweb

Por último, se tiene que crear un softlink para activar la aplicación en el servidor:
ln -s /etc/apache2/sites-avaible/appweb /etc/apache2/sites-enabled/001-appweb

Activar el proxy
En Debian y Ubuntu el proxy està deshabilitado por defecto. Para permitir que apache haga de proxy se tendrá que modificar el fichero /etc/apache2/mods-avaible/proxy

Comentar la línea
Deny from all
y escribir
Allow from localhost

Ahora solo será necesario tener la aplicación turbogears corriendo sobre el puerto 20000 y reiniciar el servidor Apache.

Instalar Python 2.5 y TurboGears sobre Debian Etch

Por una de esas cosas del destino, me vi animado a crear una aplicación web para la visualización de los resultados de una investigación científica sobre bioquímica.

Durante un par de semanas estuve analizando el problema, creando la documentación necesaria, elaborando el mapa web, diseño de base de datos, scripts de creación de datos….

Y por último, elegir el framework que me iba a catapultar al mundo de los programadores RAD.

Después de un fin de semana evaluando entre PHP con CakePHP y Python con TurboGears, el ganador fué este último. En otro artículo explicaré los motivos, ahora, a la parte práctica.

Más después de la pausa.